中国环境保护产业协会设有办公室、技术部、信息部、会员部、国际部、政策研究与咨询部、继续教育与培训部、中环协（北京）认证中心、《中国环保产业》杂志社有限公司等。 中国环境保护产业协会下设水污染治理委员会、电除尘委员会、废气净化委员会、袋式除尘委员会、脱硫脱硝委员会、固体废物处理利用委员会、城市生活垃圾处理委员会、噪声与振动控制委员会、环境监测仪器专业委员会、机动车污染防治技术专业委员会、循环经济专业委员会、重金属污染防治与土壤修复专业委员会、社会化环境监测与运营服务专业委员会、环保产业政策与集聚区专业委员会、环境影响评价行业分会、城镇污水治理分会、室内环境控制与健康分会、有机食品分会等18个分支机构，分别开展各专业领域的活动。